El 28 de marzo de 1597 se fundó el Monasterio de las Madres Conceptas, siendo así la construcción más antigua de la ciudad de Loja.
Los 422 años de vida monástica se evidencian en este lugar, que fue fundado por Juan de lderete y las hermanas Orosco, todos originarios de Quito. Esta construcción, resolvió uno de los principales problemas de la época colonial, el cual era velar por la seguridad y el resguardo de las mujeres de los conquistadores, que iban en busca de El Dorado.
El motivo más importante para la edificación de un monasterio en el siglo XVII se debió a los 49 años de la fundación de Loja y al auge económico de ése momento, muchas familias provenientes de Europa y América recurrieron a esta ciudad, y con esto surgió la necesidad de crear un aposento para las mujeres que acompañaban a los conquistadores de El Dorado.
La petición formal de la construcción la hizo Juan de Alderete, Gobernador de las provincias del Yahuarzongo, al Fray Luis López de Solís, obispo de la Real Audiencia de Quito, quien se encontraba de visita en la ciudad.
Esta construcción comprendía una manzana entera de paredes de adobe y puertas de cedro, sin embargo en la actualidad, se conserva sólo una parte de la construcción colonial.
En 1705 se inauguró la pequeña iglesia que se ubica dentro del monasterio, cuya parte está dada para el Museo de las Madres Conceptas, de aproximadamente 300 años de vida.
Luego, en el período Republicano hubo un punto de inflexión, las familias nobles se constituyen en sus haciendas y las mujeres nobles salen del monasterio para conformar un hogar. A partir de esta etapa, el monasterio pasa a ser, de un aposento que velaba por la seguridad de las mujeres de los conquistadores, a un lugar de oración, caridad y contemplación de las religiosas.
En efecto, para solventar la manutención, las monjas de claustro se dedican a diversas actividades de tradición milenaria como la elaboración de pan, hostias, y el cultivo de plantas medicinales para hacer dulces y aguas aromáticas. La habilidad de sus manos se manifiesta en el bordado de vestimentas clericales como casullas, dalmáticas y estolas bordadas con hilo de oro.
En la actualidad, parte de la construcción antigua se ha convertido en un museo que expone parte del patrimonio escultórico y pictórico del Monasterio de los siglos XVI y XVII. Esta colección referida a una serie de óleos de estilo barroco, rococó, chuguerresco y neoclásico, provenientes de la escuela quiteña y cuzqueña. Además, se pueden apreciar retablos tallados en roble cubiertos en pan de oro en el que se exhiben esculturas de Santidades en yeso o madera.
Entre los cuadros más representativos encontramos: Las Alegorías a las Virgen del Carmen y la Virgen Inmaculada; Las Plagas de Egipto, Nuestra Señora de las Nieves, El Calvario de los Ángeles, El Bautismo de María y representaciones de la Santísima Trinidad.
El Monasterio de las Madres Conceptas de Loja refleja el testimonio de vocación y tradición de diversas generaciones de mujeres lojanas que han dedicado su vida a un encierro contemplativo. Una huella profunda de la historia religiosa y cultural de Loja.